

W systemach Windows i Linux drzewa katalogów są do podobne w bardzo niewielkim stopniu. Na początku trzeba wspomnieć o dwóch podstawowych różnicach w obu systemach:
Windows
Linux
Struktura drzewa katalogów w Linuksie nie jest przypadkowa. Otóż w 1994 powstała pierwsza wersja dokumentu standardu filesystem hierarchy standard mającego za cel ustandaryzowanie hierarchi plików i od tamtego czasu jest stale rozwijana. Warto zwrócić uwagę, że niezależnie od dystrybucji Linuksa, drzewo katalogów wygląda podobnie, chociaż pewne różnice daje się zauważyć — niestety nie wszystkie dystrybucje stosują wspomniany standard w 100%.
Przyjrzyjmy się kilku ważniejszym katalogom określonym w standardzie FHS:
| /bin | Pliki wykonywalne (binarne) podstawowych narzędzi systemowych, np. ls. |
| /boot | Pliki niezbędne do uruchomienia systemu. |
| /dev | Pliki urządzeń. W Linuksie obowiązuje zasada, że wszystko jest plikiem, w szczególności dostęp do urządzeń odbywa się poprzez pliki zawarte w tym katalogu (np. do dysków, modemów, itp.). |
| /etc | Pliki konfiguracyjne, ustawienia systemowe. |
| /home | Katalogi domowe (profile użytkowników). |
| /lib | Biblioteki dzielone (shared libraries) wykorzystywane przez część programów. |
| /media | Miejsce dostępu do nośników wyjmowanych (miejsce montowania nośników wymiennych) (np. pendrive, CD-ROM) |
| /mnt | Miejsce dostępu dla dodatkowych dysków (np. z partycją Windows), czasami rolę tego katalogu przejmuje /media. |
| /proc | Pliki dające dostęp do stanu jądra systemu, procesów. Jak wspomniano, w Linuksie wszystko jest plikiem, więc także warstwa dostępu do poszczególnych obszarów ustawień jądra systemu jest poprzez pliki. |
| /root | Katalog domowy (profil) użytkownika root. |
| /sbin | Pliki wykonywalne poleceń, które mogą być wykonywane tylko przez administratora. |
| /tmp | Systemowy folder przeznaczony na pliki tymczasowe. |
| /usr | Programy użytkowe, np. OpenOffice. |
| /var | Pliki systemowe, których zawartość często się zmienia (np. logi programów/systemu, pliki poczty). |